纯水设备排空后，重新运行时，气体没有排尽就快速升压运行。应在压力低的情况下将余下的空气排尽后，再逐步升压运行。在预处理设备与高压泵之间的接头密封不好或漏水时 ( 尤其是微滤器及其后的管路漏水 ) 当预处理供水不很足时 , 如保安滤器发生堵塞，在密封不好的地方由于真空会吸进部分空气。应清洗或更换保安滤器，保证管路不漏。总之，应在流量计中没有气泡的情况下逐步升压运行 , 运行中发现气泡应逐渐降压检查原因。
纯水设备关机时快速降压没有进行彻底冲洗。由于膜浓水侧的无机盐的浓度高于原水，易结垢而污染膜。用含有化学试剂的预处理水冲洗。因含化学试剂的水在设备停运期间可能引起膜污染。反渗透设备在准备关机时，应停止投加化学试剂，逐步降压至3公斤左右的压力用预处理好的水冲洗 10分钟, 直至浓缩水的TDS与原水的TDS很接近为止。
反渗透设备消毒和保养不力导致微生物的污染，这是复合聚酰胺膜使用中普遍存在的问题，因为聚酰胺膜耐余氯性差，在使用中没有正确投加氯等消毒剂 , 加上用户对微生物的预防重视不够 , 容易导致微生物的污染。目前许多厂家生产的纯水微生物超标，就是消毒、保养不力造成的。